a ver, fundamentos:
Indesign: en sus comienzos era desastroso no podia salir del karma del Page Maker y solo aportaba problemas al layout, luego ya en la version CS comenzó a ser realmente potente y ya en su version CS2 exploto totalmente sepultando al Quark, que recién estaba en la version 6. Indesign tiene la ventaja de ser de la Suite de Adobe y ya en las versiones CS integro todo en un solo paquete que interactuan perfecta y armoniosamente Photoshop, Illustrator y Acrobat como pilares del Publishing. convengamos que el IDD es un Quark superior tomando las cosas buenas de uno y el Page maker y agregando las bondades de excelentes Plugins, manejo de fuentes, efectos, transparencias, buen manejo de Links; poder importar PSD , Illustrator como si naday muchos formatos mas, paleta de colores extensible, Scripts Automatización, manejo de fuentes e idiomas, caracteres especiales, el manejo de los parrafos mucho mas accesible, glyphs todo mucho mas visual, Style de parrafo y caracteres avanzados, Tablas excelentes, manejo s¡del slug area y bleed para acceder facilmente a los margenes del layout y definr un area de trabajo con marcas de corte etc. exportar a PDF nativamente, previews muy buenos, XLM, INCOPY, prefligth, package.
Quark: olvidate
ahora va por su version 8, en lo unico en que se adelanto fue en ser en su version 7 para version osX universal ya sin usar la rosetta sin tener que emular. Todo sigue igual tenes que tener la version passport para manejar idiomas aunque en la version 8 aseguran acepta bien caracteres unicode... exportar PDFs es un parto, nunca te avisa que faltan links, tenes que ir vos y fijarte que onda que es lo que falta... para cualquier cosa medianamente avanzada necesitas una Xtension que te permita hacerlo asi como.
Bueno estas son algunas cosas que se me ocurren esta mañana y de manera informal, espero sea convincente
saludos